一般情況下，超純水機在使用一定時間后，反滲透膜的表面會有膠體等物質堆積，對于這種污堵，一般采用設備自帶的膜沖洗或反沖洗就可以清除了。對于自清潔無法去除的的污堵和水垢，超純水機一般有以下幾種清洗方法：
1、物理清洗方法
常見的物理清洗方法有低壓高流速清洗，即在較低的操作壓力下盡可能地加大膜面流速，使得溶質分子在膜面停留的概率降低，并且減小料液與膜面之間的濃差極化。反向清洗即通過在膜的透過液一側施加壓力，使透過液反向透過膜。這樣一方面可以沖掉堵塞在膜孔內的污染物，另一方面對料液側膜表面的附著層也有著一定的沖洗作用。
2、化學清洗方法
EDI裝置膜堆在實際運行中，對于污染嚴重的膜，僅靠物理清洗很難使膜通量恢復，必須借助于化學清洗。化學清洗劑的選擇應根據膜污染物的類型，污染程度以及膜的物理化學物特性來進行，清洗劑可單獨使用，也可復合使用。
3、生物清洗方法
這類方法又可分為兩類：一類類似于化學清洗方法，使用清洗劑清洗，不同的是此類清洗劑具有生物活性；另一類是將生物劑固定，通過特殊方法固定在膜上，使膜具有抗污染的性能。
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