潔凈手術室無菌設計涉及建筑和裝飾各個方面，如室內裝修要求，滅菌方法，設施的自動控制等。但關鍵的是手術室內空氣凈化處理，醫院手術環境必須采用空氣潔凈技術，任何普通空調器都不得直接用于手術室。
    潔凈手術室的建設和使用是非常昂貴的，每簡潔凈手術室都要采用獨立設置的凈化空調機組，凈化系統至少設有三級空氣過濾，天花板集中送風滿布率大于0.75，換氣次數20~36次/小時，對100級層流手術室工作面平均風速要達到(0.25-0.35)m／s，最小新風量60m3／h? 人，以及噪聲、壓力、溫度和濕度的要求等等，這一切全都依賴巨大的電力消耗來支撐。潔凈程度越高，其建造成本、運行費用和能耗也越多。因此，潔凈手術室的建設要充分考慮到運行經濟性和臨床有效性，是否需要建設高潔凈度的控制空間，如單向層流潔凈手術室要全面慎重地進行論證。
    應當認識到，引發感染的途徑多種多樣，主要是接觸途徑，并非空氣途徑。空氣凈化措施只對預防患者感染具有 潛在優勢，并不能保證患者絕對不受感染。往往區域無菌程度越高、管理越嚴的手術室，病人通過直接接觸感染或醫生無菌操作不當而引起感染的可能性越大。因此加強綜合無菌控制和管理，制定全過程、全方位的保障措施，也是無菌手術室建設的重要工作。

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