在藥品生產中，為了保證藥品的均勻度和良好的流動性，常將原料用一定的方法制成顆粒(藥丸、膠囊、片劑)。利用微波的熱效應和非熱效應，進行低溫干燥和殺菌處理，微波能量直接輻射到藥品中，使藥品內部溫度升高，產生壓力，加速被約束水分子的轉移，被處理物品中的水份逐步向外蒸發，此時微波設備中再進行抽濕，將蒸發出來的水份帶走。利用微波干燥處理藥品不僅大大提高產品質量，并可大大縮短干燥時間和節約大量的能源，經濟效益十分明顯。
此外，微波可對各種中、西藥品、藥材進行干燥、脫水、消毒、滅菌、殺蟲、防霉處理。可大大方便生產廠家對藥品和原材料的貯存和保管。
