微波殺菌是微波的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變性，使細菌失去營養、繁殖和生存的條件而死亡；生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細菌結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，決定細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖酸（DNA），是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲形大分子。足夠強的微波場可以導致氫鍵松馳、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變，甚至斷裂。

1、加熱迅速、
　　微波加熱與傳統的加熱方式不同，不需熱傳導過程，它是使被加熱物料本身成為加熱體，因此即使是熱傳導性較差的物料，也可以在極短的時間內達到加熱溫度。
2、均勻

無論物體各部位形狀如何，它是使物料表里表里同時均勻滲透電磁波而產生熱能，不受物體形狀限制，所以加熱更均勻，不會出現外焦內生的現象

3、節能高效
　　由于含有水份的物質極易吸收微波而發熱，因此，除少量的傳輸損耗外幾乎無其它損耗。微波加熱與遠紅外加熱相比，節約能源1/3以上。
4、防霉殺菌，不破壞物料營養成分
　　微波加熱具有熱力效應和生物效應，因此，能在較低溫度下殺死霉菌和細菌；傳統加熱方式加熱時間較長，造成營養成分損失較大，而微波加熱迅速，能最大限度地保存物料的活性和食品中的營養成份。

5、工藝先進，可連續生產
　　只要控制微波功率即可實現加熱或終止。應用PLC人機界面可進行加熱工藝過程規范的可編程自動化控制，它有完善的傳送系統，可確保連續化生產，節省勞力。

6、安全無害
　　微波是控制在金屬制成的加熱室內工作，微波泄漏被有效抑制，不存在放射線危害及有害氣體的排放，不產生余熱和粉塵污染，極不污染實物也不污染環境。