商標(biāo)許可合同如果不備案，并不影響該合同的有效成立，但是如果同一個商標(biāo)權(quán)利人將商標(biāo)同時獨占許可給兩個公司使用時，那么進行了備案的那份獨占許可合同會被法律支持有效，而另一份獨占許可合同因為事實上無法履行，被許可人只能要求商標(biāo)權(quán)利人承擔(dān)合同違約的責(zé)任，而不能要求繼續(xù)履行獨占許可合同。

另外，對于許可人來說，商標(biāo)許可合同備案后，在估算該商標(biāo)的無形價值時，備案后的許可合同其真實性、價值性要遠遠大于沒有備案過后的商標(biāo)許可合同。在企業(yè)申請著名商標(biāo)、馳名商標(biāo)時，備案的許可合同作為證據(jù)時，作用一般都遠遠大于沒有備案的許可合同。