臭氧型水箱消毒器的工作原理是空氣通過高頻高壓電場，使氧轉化為臭氧，并及時與水混合，利用臭氧的強氧化作用，殺滅水中的細菌。殺滅細菌效果濃度，可以通過改變進水壓力、氣量、電流等調節來達到。由于臭氧在水中的氧化還原電位為2.07v，比氯（1.36v）高，所以在臭氧量僅為氯的萬分之一時，滅菌效果比氯及其它藥劑快600-3000倍，數秒內可殺死細菌。