巴氏消毒與超高溫滅菌是兩種不同的深加工方式，很難說孰優孰劣。它們之間的差別在于對原料乳中細菌的處理方法不同，因而從原料乳選進、工藝加工到成品的銷售運輸和飲用方法等各個環節，二者都區別。

　　經巴氏消毒后，原料乳中的蛋白質及大部分維生素基本無損，而且并沒有地殺滅非致病菌，也就是說還會殘留部分的乳酸菌、酵母和霉菌等，所以保質期不超過2天；而超高溫滅菌奶是在135-140°C下，于3-4秒鐘內瞬間殺菌，將原料乳中的微生物全部殺死，同時又限度地保存了牛乳中的營養物質，稱為滅菌。灌裝工藝，超高溫滅菌乳采用的是無菌灌裝方式。在銷售運輸環節，巴氏消毒奶需要冷藏條件，保質期多為48小時；超高溫滅菌奶則不需冷藏，常溫下保質期長達8個月。有人認為，巴氏滅菌奶因采用“冷鏈控制法”從而更好地保證了鮮奶的風味和營養價值，口味更新鮮。尤其是屋形鮮奶，采用先進的包裝材料，能有效防止紫外線對牛奶中維生素A和維生素B等營養萬分的破壞，更能保護牛奶的營養、鮮度和口味。

　　凡標有“消毒牛奶”字樣的產品，在保質期內均可即開即飲；習慣熱飲的人也不要把奶煮沸，溫熱后即可飲用。因為如果煮沸時間過長，不僅破壞維生素，還會造成蛋白質凝聚和鈣質沉淀，降低牛奶的營養價值。隔夜冷藏存放的消毒奶只需加熱煮沸即可，不要將其反復煮沸。利樂包裝因可以很好地抵御病菌、氧氣、紫外線、水分對鮮牛奶的侵入，所以可以直接飲用。注意不能用微波爐加熱利樂裝產品，因為包裝中含有金屬成分，而且密封包裝的物品在微波爐中加熱有可能引起爆炸。