1、占比不達標。研發(fā)人員不達標，研發(fā)費用占比不足，高品收入占比不達標。某企業(yè)不注重規(guī)劃，年底企業(yè)銷售收入激增，導(dǎo)致年底找研發(fā)費用的情況頻發(fā)。某研發(fā)型科技企業(yè)沒有提前規(guī)劃，年度入賬政府補貼800萬，導(dǎo)致補貼收入大于自產(chǎn)銷售收入，高新技術(shù)產(chǎn)品收入占比不達標。

    2、同一數(shù)據(jù)不同系統(tǒng)填報不一致。統(tǒng)計季報、火炬年報、高企年報數(shù)據(jù)不一致。某企業(yè)不重視科技系統(tǒng)有關(guān)高企內(nèi)容的填報，導(dǎo)致稅務(wù)系統(tǒng)中和高企系統(tǒng)中的研發(fā)費用，職工總數(shù)，研發(fā)人員數(shù)目不一致，導(dǎo)致在重新認定的時候稅務(wù)解釋很困難。

    3、火炬年報中存在大量前后勾稽關(guān)系。跳錯無法上報、預(yù)警無法給予合理解釋。某科技企業(yè)在填寫過程中系統(tǒng)一直報警，導(dǎo)致沒有按時提交上去。

    4、錯過填報時間。科技部門通知周期短，系統(tǒng)使用人員多，截止時間系統(tǒng)將在國家科技部關(guān)閉，無力回天，導(dǎo)致某企業(yè)錯過填報時間。

    5、專業(yè)術(shù)語（基礎(chǔ)研發(fā)，科技成果，新產(chǎn)品的定義，人員和項目之間關(guān)系）理解不到位導(dǎo)致填寫錯誤，影響三年后高企申報。某新認定高新技術(shù)企業(yè)不知道這些數(shù)據(jù)如何填寫。

    6、研發(fā)費用占比銷售收入比例不達標。吳江一家公司最后導(dǎo)致研發(fā)費用最后一年嚴重偏高，稅務(wù)認為有為高企湊數(shù)據(jù)的嫌疑。

    7、各費用之間占比和各項目之間分配方式不合理。如項目之間平均分配費用，平均分配在研發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表中專家一看就是湊的研發(fā)費用。

    8、歸集口徑問題。歸集不能歸集的費用如福利費、招待費，目前高新技術(shù)企業(yè)研發(fā)費用歸集原則《高新技術(shù)企業(yè)工作管理指引》國科發(fā)火【2016】195號文，加計扣除歸集的原則為《財政部 國家稅務(wù)總局 科技部關(guān)于完善研究開發(fā)費用稅前加計扣除政策的通知》財稅【2015】119號和《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)研究開發(fā)費用稅前加計扣除政策有關(guān)問題的公告》國家稅務(wù)總局公告2015年第97號，必須在兩者之間有所平衡。

    9、原始憑證無法證實其為研發(fā)費用。某科技企業(yè)證據(jù)鏈不完整，沒有辦法證書研發(fā)費用發(fā)生的真實性。

    10、組織協(xié)調(diào)問題。因涉及多個相關(guān)部門，各部門配合之間存在很大問題 ，部門職責(zé)難以明確。

    11、“做”賬。財務(wù)管理制度和內(nèi)部控制制度不健全，容易出現(xiàn)研發(fā)費用為單獨財務(wù)部門“做”出來。

    12、專業(yè)局限性。財務(wù)人員對高企專業(yè)程度存在局限性，對高企財務(wù)理解不清晰。

國家級高新技術(shù)企業(yè)認定申報是一項專業(yè)性非常強的工作，如果由企業(yè)單獨來操作，可能會耗費許多時間與精力而不得其所。