由于土壤、溫度、品種的變化，番茄根腐病的危害逐年嚴重。經過多年的調查，重發田塊的株發病率達到45%。一、癥狀識別根腐病主要危害根部，初在主根和莖基部產生褐斑，后逐漸擴大凹陷，嚴重時主根變褐腐爛，導致地上部逐漸枯萎，縱剖莖基或根部，維管束變為深褐色。二、發病條件本地區根腐病的病原物以寄生疫霉為主。

微元復合木霉菌劑生物農藥制劑是新型生物殺菌劑。復合木霉菌生物農藥通過產生抗生素、營養競爭、微寄生、細胞壁分解酵素、以及誘導植物產生抗性等機制，復合木霉菌生物農藥對于多種植物病原菌具有拮抗作用，復合木霉菌生物農藥具有保護和治療雙重功效，可有效防治土傳性真菌病害，在苗床使用木霉菌劑，可提高育苗與移植的成活率，保持秧苗健壯生長。也可用于防治灰霉病。

多種導致番茄根腐的發病因素：一、初侵染源是在病殘體上的厚垣抱子和卵抱子，借灌溉水或雨水傳播蔓延；二、逐步的高溫高濕有利于病菌抱子萌發侵染；三、定植時土壤溫度過低，不利于根系生長，影響根系活力，為病菌初侵染創造了條件；四、前期生長過快，驟遇連續低溫，造成根系受凍，利于發病；五、定植時，土壤濕度過大，排水不暢，連陰雨天氣不及時放風等易導致該病的發生和流行。

將微元復合木霉菌劑拌種和采用隨水滴施到加工番茄根部后，滴施2次可以達到最佳防病效果，能夠顯著增加加工番茄根際土壤中磷酸酶、過氧化氫酶、蛋白酶、脲酶、蔗糖酶以及纖維素酶活性，提高微生物生物量碳、氮和磷的量以及微生物種群多樣性，但滴施3次后防病效果有所下降，同時出現土壤活力和微生物種群多樣性下降。對照化學農藥甲霜靈雖然也有較好的防病效果，但會降低土壤中酶活，微生物生物量以及微生物種群多樣性，造成土壤質量下降。微元復合木霉菌劑起到了調節根際微生物種群結構和提高土壤質量的作用。

微元復合木霉菌劑依不同作物種類與作物不同時期有不同的使用方式，主要是要讓木霉菌均勻分布于植物根部、表面與土壤中，短期作物使用1-2次，果樹花卉等多年生作物每年使用3-4次即可，木霉菌使用次數越多效果越明顯，長期使用可有效減少土壤傳播性病害發生，多用有益無害。木霉菌使用時常添加米糠或豆粕以增加田間木霉菌增殖的能量也方便木霉菌在田間的分散性，使用量約為木霉菌之20-40倍。