ISO9001認證分為初次認證、年度監督檢查和再認證等，具體如下：
一、初次認證
1、企業將填寫好的《 ISO9001認證申請表》連同認證要求中有關材料報給認證機構。認證機構收到申請認證材料后，會對文件進行初審，符合要求后發放《受理通知書》(這意味著如果材料提交不全，就取得不了受理的資格，更談不上簽合同繳費了。這一點請申請認證的企業和咨詢輔導機構的工作人員給以足夠重視，以免因此影響進度)，申請認證的企業根據《受理通知書》來與認證機構簽訂合同。
2、認證機構收到企業的全額認證費后，向企業發出組成現場檢查組的通知，并在現場檢查一周前將檢查組組成和檢查計劃正式報企業確認。
3、現場檢查按ISO9001:2008標準的要求進行，審核前通知企業審核的日期和時間。審核時審核組召開首次會議和末次會議。
4、審核組根據企業申請材料、現場檢查情況、撰寫審核報告，提交技術委員會審查。
5、認證中心收到技術委員會審查意見后，匯總審查意見，報認證中心總經理批準。
6、認證中心向認證合格企業頒發ISO9001:2008質量管理體系認證證書，組織公告和宣傳。
7、獲證企業如需標識，可向認證中心訂購;如有特殊印制要求，應向認證中心提出申請并備案。
8、年度監督審核每年一次。
二、年度監督檢查
1、認證中心根據企業認證證書發放時間，制訂年檢計劃，提前向企業下發年檢通知。企業按合同要求繳納年度監督管理費，認證中心組成檢查組，到企業進行現場檢查工作。
2、現場檢查時，對需要進行檢驗的產品，由檢查組負責對申請認證的產品進行抽樣并封樣，送指定的檢驗機構檢驗。
3、檢查組根據企業材料、檢查報告、產品檢驗報告撰寫綜合評價報告，報認證中心總經理批準。
4、年度監督檢查每年一次。
三、復評認證
3年到期的企業，應重新填寫《 ISO9001認證申請表》，連同有關材料報認證中心。其余認證程序同初次認證。

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