在上海自貿區注冊的不同之處主要體現在以下幾方面：
1.自貿區在保留原有保稅區的功能前提下增加了貿易業“認繳制”和離岸出口即退稅 政策， 服務業 增加了“認繳制"和開票2萬以下不收稅務，
2.資本的自由流通，在自貿區內以前國外的資金是很難進入國內一般都是合資或控股才能進入中國現在不一樣了，現在國外的資金可以來中國投資，比如開設私人銀行。 再比如以前 我們要去國外買一套房子， 就需要先去外資委申請一下通過后才能兌換外幣去買，而現在只要你在自貿區有公司， 就可以省去外資委審批這個步驟自己直接去買，這就是說的資金流通自由，投資自由。
3.可能推15%企業所得稅優惠
上海將推動稅收創新，包括離岸貿易、金融采用低稅率，對境外投資收益采用分期繳納所得稅等優惠政策支持自由貿易園區內企業發展。有媒體報道稱，為鼓勵企業發展，上海將在稅收方面采取低稅率，其中將包括對自由貿易區內符合條件的企業減按15%的稅率征收企業所得稅。
4.貿易領域監管模式創新
上海自由貿易試驗區將實施“一線逐步徹底放開、二線安全高效管住、區內貨物自由流動”的創新監管服務新模式，這是與上海綜合保稅區的主要區別。所謂“一線”，是指國境線；“二線”是指國內市場分界線，也就是自由貿易試驗區的空間分界線。創新監管模式提出要將一線監管集中在對人的監管，口岸單位只做必要的檢驗檢疫等工作，特別是海關方面將不再采用批次監管的模式，而采用集中、分類、電子化監管模式，達到自由貿易試驗區內人與貨物的高效快捷流動。
