采用海水源熱泵需要對海水進行處理，而水處理裝置的初投資較高，其運行費用也很高；海水具有較強的腐蝕性，需要選擇耐腐蝕的熱交換器和水泵；取水點和住宅距離較遠時需要長距離輸送，輸配成本高；海水源熱泵系統有時還需要增加輔助熱源才能滿足冬季的供熱需求，這必然增加系統的初投資。冷水機組與城市熱網配套初投資大約200元/平方米左右（不含空調系統末端），全年運行費用在30元/平方米左右（不含空調系統末端）；大連某港區海水源熱泵系統的估算初投資為260元/平方米，全年估算運行費用為42.1元/平方米。對于既有近海普通住宅，由于建筑的年代久遠或結構限制，改造成海水源熱泵系統代價大，投資高；對于新建近海高檔住宅，一年中有很長時間處于無人居住的狀態，只有度假時才會有人居住，這對系統是很大的浪費，成本不能及時回收。從初投資與成本回收角度看，海水源熱泵系統的初投資大，運行和維護費用高，成本回收困難。
