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然而，已有的土壤微生物組研究大多基于單個過程（硝化作用）及其相關微生物，只有從氮素循環(huán)全過程和其微生物組的角度來研究，才能掌握土壤中氮素轉化的全貌并制定相應調控措施。土壤微生物組是地球污染物消納的凈化器，通過生物轉化深刻影響土壤中污染物賦存的形態(tài)和歸宿，是土壤具有消納污染物功能的關鍵。對于有機污染物而言，通過微生物的代謝和共代謝過程，污染物得以轉化或分解礦化。，通過穩(wěn)定性同位素探針技術已探明土壤中能夠降解多環(huán)芳烴的微生物群落，特別是發(fā)現(xiàn)一些尚未得到人工分離和培養(yǎng)的新型微生物類群，并在堆肥系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)了降解多環(huán)芳烴的重要功能微生物組。
