紫外線系統的經濟學決定于以下因素：設備造價和壽命；電效率；運行中殺菌效果的降低程度；電費等。對于紫外線消毒系統的經濟分析尚未做出定論，有很多結論不同的分析報道，有觀點認為紫外線殺菌裝置電耗大，設備維護費和造價較高。對于大系統，設備投資比臭氧系統高，運行費用與臭氧相仿；但對于純凈水制造的小型系統投資較臭氧裝置為低。也有觀點認為對于數千噸/日以上的處理規模，紫外線消毒系統的投資和運行成本很具優勢，要比加氯和臭氧消毒的花費都低得多。例如有分析資料報道，在建造人口數為10~25000范圍的小型飲用水處理廠時，紫外線、二氧化氯和臭氧消毒費用的近似比例為1:4：（8~9），對于人口數大于500000的社會團體，費用比約為1:2.5:2.5。

大多數紫外線裝置利用傳統的低壓紫外燈技術，也有一些大型水廠采用低壓高強度紫外燈系統和中壓高強度紫外燈系統，由于產生高強度的紫外線可能使燈管數量減少90%以上，從而縮小了占地面積，節約了安裝和維修費用，并且使紫外線消毒法對水質較差的出水也適用。