辦理三類醫療器械許可證的流程一般如下：
準備申請材料：根據相關規定，準備好申請材料，主要包括《醫療器械經營許可證申請表》、營業執照原件及復印件、醫療器械申請核查報告表、營業場所和倉庫的平面圖、房屋產權或使用權證明、負責人和質量管理人的身份證及學歷證明復印件、技術人員一覽表及學歷、職稱證書復印件、質量管理文件目錄、倉儲設施設備目錄等。
提交申請：向所在地的市級人民政府食品藥品監督管理部門提交書面申請和準備好的申請材料。
受理與審查：食品藥品監督管理部門會對申請材料進行形式審查，如果材料齊全并符合法定形式，就會受理申請。接下來，他們會進行實質性的審查，包括對企業的現場核查等。
審批與發證：如果審查通過，食品藥品監督管理部門會進行審批，并在規定的時間內頒發三類醫療器械經營許可證。
備案產品：如果經營的是需要備案的醫療器械，還需要進行網上注冊備案。
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