錳砂主要是依靠其接觸氧化能力和吸附能力來除錳，而決定這兩項能力的主要因素是濾料表面的二氧化錳含量?，F在國內天然錳砂濾料二氧化錳含量一般為30%左右，國家規范除鐵錳濾池使用的天然錳砂二氧化錳含量要達到35%以上。而覆合錳砂濾料因為其表面的二氧化錳含量較高較純，其接觸氧化能力和吸附能力都大大超過天然錳砂濾料。
1、接觸氧化能力和吸附能力不僅決定除鐵錳效果，還對過濾水的含氧量有要求。地下水含氧量的多少取決于濾前曝氣系統的設置，覆合錳砂過濾要求含氧量為水中鐵錳離子濃度之和的1.5倍，天然錳砂過濾含氧量要求為3倍。虹吸濾池若使用天然錳砂，曝氣環節的設計還需要進一步增加溶氧措施。
2、國家規范天然錳砂濾料設計濾速為5~8米/小時，而覆合錳砂的設計濾速可以達到10米/小時，濾速的取值決定濾池的設計面積，使用天然錳砂的濾池比使用覆合錳砂的濾池面積大25%（{10-8}/ 8×100%=25%），即濾池土建面積需要增加25%才能達到同樣的產水量。
二、錳砂濾料的容重：
濾料的容重決定了濾池的反沖洗強度，天然錳砂濾料（二氧化錳含量達到35%）的容重為2.0噸/m3，反沖洗強度要求20L/S?㎡，反沖洗時間為10分鐘。
覆合錳砂濾料的容重為1.58/m3。反沖洗強度要求12L/S?㎡，反沖洗時間為5分鐘。
以上容重特性造成天然錳砂濾料如下缺點：
1、設計上增加濾池反沖洗水頭水量，反沖洗強度需要增加67%，反沖洗水量增加2.3倍，要求濾池沖洗水箱的容積大大增加，使濾池的總高度增加1.5米以上，增加土建造價。同時進水位置升高使電耗增加并且是常年累月不停的多用電。
2、同樣體積的濾池，使用濾料總噸位增加，增加了裝池成本。
