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天然氣的成因是多種多樣的,天然氣的形成則貫穿于成巖、深成、后成直至變質作用的始終,各種類型的有機質都可形成天然氣,腐泥型有機質則既生油又生氣,腐植形有機質主要生成氣態烴。成巖作用(階段)早期,在淺層生物化學作用帶內,沉積有機質經微生物的群體發酵和合成作用形成的天然氣稱為生物成因氣。其中有時混有早期低溫降解形成的氣體。生物成因氣出現在埋藏淺、時代新和演化程度低的巖層中,以含甲烷氣為主。生物成因氣形成的前提條件是更加豐富的有機質和強還原環境。
最有利于生氣的有機母質是草本腐植型—腐泥腐植型,這些有機質多分布于陸源物質供應豐富的三角洲和沼澤湖濱帶,通常含陸源有機質的砂泥巖系列最有利。硫酸巖層中難以形成大量生物成因氣的原因,是因為硫酸對產甲烷菌有明顯的抵制作用,H2優先還原SO42-→S2-形成金屬硫化物或H2S等,因此CO2不能被H2還原為CH4。
甲烷菌的生長需要合適的地化環境,首先是足夠強的還原條件,一般Eh<-300mV為宜(即地層水中的氧和SO42-依次全部被還原以后,才會大量繁殖);其次對pH值要求以靠近中性為宜,一般6.0~8.0,最佳值7.2~7.6;再者,甲烷菌生長溫度O~75℃,最佳值37~42℃。沒有這些外部條件,甲烷菌就不能大量繁殖,也就不能形成大量甲烷氣。